Версия AVR Studio значения не имеет. Более новые содержат поддержку более новых контроллеров, коих море, и все тебе не понадобятся.
СТК-200 - наиболее простое, делается на одной микросхеме 74HC244 и десятке резисторов. На нашем форуме оно будет делаться серийно в теме"ZX-KIT набор программаторов для Спекки" в "барахолке". СТК-500 сложнее, для его изготовления нужен сам микроконтроллер и программатор, хотя бы СТК-200 Но в работе он удобней, позволяет прошивать МК просто тыкнув кнопочку в АВР Студио.
Из микроконтроллеров (массово-ходовых) лучше выбрать ATTiny2313 (есть документация полностью на русском языке), ATMega8515, ATMega32...
Это одно из частных мнений