Я тоже сторонник с двумя 2716 и разъемом IDE-40. Размер платы можно уменьшить за счет этого, дешевле в изготовлении будет. А CF и SD можно и через переходник, кому надо. Все равно переходник понадобится, если CF будут к PC подключать.
А по поводу максимального объема в 256 метров, то это неверно. Олег Ховайко написал драйвер и код в ПЗУ, который поддерживает 24 раздела, итого 768 Мб. А если поставить две 2716, то для кода в ПЗУ будет больше места, можно написать другой код с поддержкой 64 разделов (2 Гига), поддержкой Master-Slave.