C гнездом под CF - проблем много, лучше переходник.
Проблемы с гнездом - это одноразовые проблемы (сделал и забыл). Переходник (ЛЮБОЙ) - это источник произвольных проблем и глюков в будущем, т.к. вносит в цепь ненужные соединения. Если перспектива борьбы с глюками в будущем никого не пугает - бог в помощь.

Причем именно с IDE 44 (там и питание есть)
Угу. Это означает либо геморрой с поиском гнезда на шлейф (для прямого кабеля), либо, опять таки, очередной переходник - с 44 на 40. Никак не пойму - зачем? А питание можно взять и в схеме контроллера - для CF (в отличии от винта) много не надо.