И стоит ли контроллер дисковода и SD карты собирать на главной плате?
Про контроллер дисковода не скажу, ибо пофиг, а вот контроллер SD ИМХО надо делать на отдельной плате. Его в перспективе можно и не только на Спеце использовать, и реализовать в виде микроплатки на нежирной ПЛИС (если заработает вариант на рассыпухе).