Ну так на A600 есть Gayle (собственно IDE контроллер), на A500 его нет. Возможно, этот странный KS щупает регистры Gayle. Вот тут в таблице говорится, что 39.106 предназначен для 1200 и 4000.

http://wiki.classicamiga.com/Kickstart_Roms_Explained