640x480 -- это "логический" размер. VGA-шный сигнал аналоговый и пикселей в нем нет. Если модулировать луч два раза на строку, будет 2 пикселя в строке, если 1000 -- будет 1000.
Это все справедливо для ЭЛТ моников. Для LCD следует придерживаться некоторых правил. 384х250 отлично вписывается в 800х600 при минимально возможном бордюре. Этот режим используется в эмулях в полноэкранном режиме и в моем МХ2.