Частота на входе первого счетчика 3,5МГц, полпериода значит 140нс, не так уж и мало, разве что задержки суммарные как то влияют.

Надо было мне посоветовать все таки вместо HC купить AC, с частотой тогда точно не было бы проблем. Или ACT. Надо же так, именно для этого частотного узла и небыло микрух ALS.