А.. Нет, я обхожусь .sof-ом обычно.
set_global_assignment -name CYCLONEII_RESERVE_NCEO_AFTER_CONFIGURATION "USE AS REGULAR IO"
Но оно так и есть, если только Квартус сам чего-нибудь не перелопатил. Нужно пойти в assignments -> device & pin settings -> dual purpose pins и убедиться, что nCEO используется как обычный I/O после конфигурации. Там есть какие-то отдельные настройки для .pof-а? Я не помню.