Я, все таки, придерживаюсь мнения, что такие вещи (JCUKEN/QWERTY) должны правится в "биосе" целевой машинки.
Layout эмулятора это должна быть совсем другая песня - это соответствие кнопок ПЦ кнопкам (сканкодам) машинки. А в какой символ конвертить этот скан - это уже ее машинки сугубое дело.
Иначе эмулятор должен будет знать "рус" у нас или "лат" (ну допустим знает) и в зависимости от этого каждый раз при переключении менять layout. И получить чудеса с прогами которые напрямую клаву щупают