Это все вопросы юзабилити.
Прежде всего. Неясна функция окна с вещами на экране. Оно настолько необходимо, что его нужно было реализовать как постоянное, довольно широкое окно? (я не видел диздока игры, поэтому спрашиваю). Обычно мешок с вещами можно сделать как отдельный экран.
Это совершенно нормально. Так например сделано в знаменитой Zelda или многих квестах.
Появляющееся окно или экран с вещами можно сделать при нажатии на клавишу клавиатуры ил икнопку на экране.
Взятие вещи и тем более манипуляция ими это вспомогательные функции, в сравнении с остальными функциями игры, им (обычно) не полагается постоянно висеть на экране, и можно сделать отдельным скрином.

Со взятием и применением вещи непонятно. Зачем делать так, чтобы она постоянно "болталась" в качестве курсора? Чтобы попробовать "потыкать ей" куда попало? Так чтобы игрок так не делал (это же не диззи все-таки, я надеюсь, где основная задача - найти пару "предмет"-"место применения") у игры должна быть адекватная логика геймплея.
С моей точки зрения лучше делать "драг" - тыкнулся в предмет, после чего игра автоматом входит в режим "применения предмета".
Затем тыкнулся в экран, в возможное применение, если применения нет, то режим "применения предмета" отменяется.
Как и куда применять вещи на экране - можно дополнительно спрашивать у игрока, вызывая всплывающие варианты непосредственно в месте применения, вида:
На себя
На <имя>
Положить
Вообще - основная рекомендация поменьше "автоматизма" и всего этого сервисного "ума". Все это ни к чему. Компьютер и игра всего лишь механическое средство для обеспечения процесса игры (играть должен сам человек), и всегда лучше когда это средство работает наиболее простым и понятным способом, не занимается додумыванием, и проч. сложнопонимаемыми вещами.