абсолютно верно, большинству софта хочется просто попасть в память и запуститься, ещё некоторому количеству софта захочется позагружать разные файлики, и в этом ему не будет никакого отказа, стандартные функции доса всегда к его услугам, бейсик тоже в теме, все стандартные запросы к файлам остались как для дискетты

Единственное в чём может произойти непрятность это немного другое распределение памяти, Если какойнибудь лоадер какойнибудь игры, до последнего байта использует память, то ему мешатся всё что угодно из дополнительного прицепленого, будь то сетевой контроллер, или даже второй дисковод B: который даже будучи фантомным занимает в памяти свой кусочек какой то таблицы, и приходится грузится (не помню с какой) нажатой клавишей, что бы остался только A: вот этим жестко заточенным программам будет туго.
Ну и конечно специальные утилиты, или даже файловые диспетчеры, написанные светлыми головами так, что работают с железом напрямую, естественно окажутся в пролёте.
Ну и напоследок софт который не совместим с msxdos2 по тем или иным причинам

А вобще пусть Саксаулы скажут своё слово