Вряд ли можно с уверенностью заставить раскладывать рыхлый проект каким-то определенным образом.

Если есть еще какие-то части дизайна, которые рассчитывают на то, что два сигнала приходят в определенной последовательности, надо от таких мест избавиться и все всегда будет собираться одинаково исправно. Бывает, напишешь чего-нибудь эдакое, оно как будто работает. А потом оказывается, что работало все на гонках и при пересборке все распределилось иначе и не работает уже ничего.

Еще может быть, что не все выходные сигналы в case-ах полностью определены -- это тоже, бывает, приводит к проблемам, которые поначалу хочется списать на судьбу и космические лучи.