Это основная проблема эмуляции. Нужно эмулировать всякие задержки. В SimH есть много подобных задержек. В E11 реализованы только заждержки прерываний на заданное количество инструкций. К слову, в RT-11 DD под E11 работает очень хреново и чуть что, повисает.