Конечно, аппаратное - в каждом COM-порту PC есть аппаратный буфер FIFO, глубину которого можно настраивать:
Наличие буфера никоим образом с квитированием не связано. Стандартные чипы на PC аппаратно не обрабатывают квитирование, только возможно вызвать прерывание при изменении уровней сигнала CTS/RTS/DTR/DSR, всё остальное ложиться на программу.