hobot, проблема не в цвете. Я поставил этот STDU Viewer и посмотрел. Если сделать максимальный zoom то хорошо видно -- вместо круглых точек он рисует короткие полоски.
Собственно как я вывожу каждый удар иголки -- делаю объект path в началом и концом в одной точке, с указанием что у меня линия такой-то ширины, с закруглённым концом -- получается линия нулевой длины, оба конца в одной точке, два закругления дают закрашенный кружок.
Данный вьювер не отрабатывает эту ситуацию правильно -- вся картинка не такая как должна быть.
Рекомендую открывать PDF в браузере или в Acrobat Reader.