простого решения нет. предлагаю два варианта:
1. сделать всю логику выбора tr-dos. а также придется сильно попатчить саму прошивку.
как вариант взять vTR-DOS с АТМ. ну естественно нужен контроллер HDD.
2. собрать буржуйский divide: http://baze.au.com/divide/
здесь не будет обычного в нашем понимании tr-dos'a зато есть:
поддержка fat16, iso9660
- supports long file names
- supports up to 8 FAT partitions
- supports WinNT 4GB FAT partitions (might need some testing)
- emulates standard tape routines so its possible to instantly load .TAP files
- loads 48k/128k .SNA .Z80 snapshots
- includes .SCR and dithvIDE/GigaScreen viewer (on machines with two videorams)

насколько мне известно, TR-DOS поддерживается в виде загрузки программ.