можно идентифицировать джойстики по имени. Имя сохранять в конфиге. Но нужно будет продумать как оптимальнее сканирование сделать чтобы сканить только джойстики которые реально используются.

Кстати, давно напрашивается мысль сделать все порты девайсов настраиваемыми через конфиг.