И остается написать функцию, которая бы добавляла кластер к файлу (при записи). Редактировала обе таблицы FAT. Или удаляла кластеры (функция SetEndOfFile).
И еще лучше, написать функцию, которая бы работала с каталогами. Там так же надо оперировать с кластерами.
А почему не использовать готовые библиотеки для работы с файловыми системами FAT? Есть версии для работы которым надо совсем чуть-чуть ОЗУ и пару кило ПЗУ.