ПЛИС дороже стоит. И вы делаете реплику сложного устройства.

Я же планирую сделать работу с SD-картой в микроконтроллере. БК0010 будет записывать в специальный порт команду (1-чтение сектора, 2-запись сектора, 3-форматирование дорожки...) и читать/записывать из этого порта 512 байт данных.

Хотя можно сделать полноценную эмуляцию контроллера FDD, но я думаю, что это не нужно.