Под дрова хватит и 512 Байт. Помимо ПЗУ в ATMega надо будет еще зашить программу чтения/изменения FAT32, так что под ПЗУ места не много остается. А образы дискет будут хранится на SD-карте. Больше 1000 дискет на 1 Гб флешку.

Кстати в МК можно еще всякой периферии для БК засунуть не усложняя схему. Часы, порт PS/2 мыши, RS232, ЦАП, АЦП и т.п.