1. Если последовательно выдерживать какую-то определённую стратегию программирования, то будет использоваться ещё меньше команд, и программы будут лучше паковаться.
2. Можно задуматься о наборе команд для регистровой виртуальной машины с учётом того, что не все регистры равнозначны.
3. Таки да, кое-что можно перехватывать железом, если это не касается состояния регистров процессора. Например, ld b,b и т.п. могут быть префиксами сегментной адресации (как на Спринтере).
4. Наверняка кто-то имеет что-то сказать насчёт того, что он сам не использует. Например, я знаю, что многие не используют условные CALL, а некоторые вообще пишут без JR.