Про АП6 уже написали, что это вообще другая плата. На верхней плате, к ШД подключены только РУ5 (на чтение шины) и регистр D39, для записи на шину.
Вытаскивание D39 из панельки, результата не дало. Потому, продолжаю думать про отсутствие правильной синхронизации между платами (верхней и нижней).

Продолжаю проверять ПЛМки. Вычитала содержимое трех РТ2, прошитых для DD17, все три разные! Для контроля верности вычитывания читала дважды.
Следовательно, некоторые микросхемы точно прошиты неверно. Нужно писать программу, вычисляющую верный дамп по прошивке от Mifody.