zorel, попробуй корпус кварца соединить с общим проводом компьютера, хотя сомнительно что это исправит ситуацию, но все же должно снизить наводки на кристалл. А еще лучше посмотреть осциллографом что у генератора на выходе, когда нет синхронизации.