Это проблема реализации. Может быть связано с тем, что сообщения об утрате фокуса прежним окном и получении фокуса новым окном приходят в эти окна в произвольной последовательности относительно друг друга.
Всякое может быть, но вряд ли зависит от этого, т.к. хук абсолютно пустой и ничего не делает. Просто передает дальше - и все равно тормозит.