Похоже в КР1801ВП1-128 есть еще одна недокументированная "особенность", которая выводит программные циклы из ожидания готовности. Там есть пара-тройка мест в мониторе БК, которые могут быть потенциально ловушками неприятностей на диске, скажем, ожидание адресного маркера. ПЛИС-эмулятор ВП1-128 сейчас виснет на таких местах в случае сбоев чтения.

Если предполагать, как ведет себя оригинальная ВП1-128 в такой ситуации, то может она выдает готовность просто скажем когда новый индекс пришел, а контрольная сумма потом разумеется не совпадает. В общем случае, если сумма не совпала, программа должна пойти на новый заход, пока не исчерпается какое-то число попыток. Также, может быть у ВП1-128 более слабая логика определения адресного маркера для экономии элементов микросхемы. В ПЛИС сейчас сделано определение очень жестко, как нарушение синхронизации плюс значение слова A1A1, это удобно для отладки, но может быть избыточно на практике. Есть варианты определения - просто по нарушению синхропотока, либо сравнению только одного байта с A1.