зачем делать отдельной софтиной то, что можно сделать просто скриптом?
включил конвейер и поехал, при условии, что тула от Titus'а поддерживает коммандную строку.
звуковые форматы можно конвертить тем же soxmix , он кроссплатформенный и бесплатный.