Посекторно? Они могут совпасть, дискета ж может быть отформатирована с заполнением нулями (реально любым не запрещённым байтом). Конечно, в реальности это маловероятно, но всё же возможно. Если читать дорожку целиком, то как тут сравнивать я вообще не представляю. Ещё надо выяснить момент. Односторонний дисковод, что он читает при выборе стороны 1? Если под односторонним понимать не совсем исправный двух-сторонний, с нерабочей (отключенной) верхней головой, то он читать не будет.
Если дискета отформатирована под ОС (любую) на ней должен быть хоть 1 информационный сектор. хоть где нибудь. Если нет тогда да, форматить, писать, читать.