Начали прикидывать насчет ISA, и выяснилось, что при её привлекательности по простоте драйверов против PCI, она существенно сложнее в аппаратной реализации (именно в нашем случае), вот по каким причинам:
1. ISA 5-вольтовая, ее просто так к FPGA не подключить, а на буферы на плате mini-ITX уже физически нет места
2. ISA требует значительно большее (чем PCI) количество сигнальных выводов ПЛИС, а их еле-еле хватило на PCI. Получается, надо еще регистры вкорячивать, а места опять же нет.
3. На шине ISA отдельное адресное пространство для устройств ввода-вывода, плюс 1мб пространство памяти, все это никаким боком не дружит с обычной адресной структурой PDP. Данные проблемы отсутствуют с шиной PCI.

Таким образом, выходит, что PCI хорошо становится на плату аппаратно, но никому не интересна программно, а ISA программно интересна, но аппаратно её поддержать очень дорогого стоит..