norduk, конечно, речь идет об оригинальной схеме подключения ВИ53 из журнала.
2 и 3 каналы таймера на РК могли использоваться как программируемый одновибратор, определяющий длительность звука, запрограммированного первым каналом. То есть после задания частоты и длительности о таймере можно забыть - звук сам прекратится по истечении нужного времени (подробности см. в схеме подключения в журнале). В Апогее же забота о длительности ложится на процессор, который в нужный момент должен перепрограммировать таймер.