Все, теперь система поддерживает C/H/S. Грузится без проблем. Проблемы начались дальше - добрая половина программ не работала. Причем не рандомно, а конкретные экземпляры (проверял несколько раз выключая/включая комп). Замена 40-жильного шлейфа на 80-жильный привела к стабильной работе винта. Все программы работают. Копирование, запись и удаление проходит без помарок.
Так что можно сказать, что схема рабочая. Осталось только до конца выяснить, почему в линии строббирования данных возникают ложные сигналы. В выходные буду в городе, прикуплю микрух серии HC (наши 1564). Думаю они исправят положение. А может линию притянуть к плюсу?

PS: Новую прошивку и утилиты выложу позже, как до конца разберусь с адаптером, все равно возможно еще внесу изменения.