А генератор тактовой (снизу там на фото осциллятор, похоже, стоит) на этой платке на какую частоту?
Я тут подумал - для стабильной работы vm80a_core надо чтобы F1/F2 были синхронизированы с этой высокой тактовой (ну или F1/F2 вырабатывались от нее). Поэтому на входы F1/F2 надо бы добавить еще защелки (внутри ПЛИС, ессно, по высокой тактовой) для нормальной работы, 10...20нс задержки никак не повлияют на остальную схему. Прочие входные сигналы вроде бы в модуле сэмплятся явно, больше защелок не нужно.