Я бы с питанием сперва разобрался. Потом глянул бы на Rx-Tx микроконтроллера ослом. И уж только затем стал бы измерять частоту, хотя сильно сомневаюсь, что удастся замерить из-за малого размаха импульсов на ногах кварцев. Не хочется перепаивать заведомо исправный кварц? Радиомагазин.