Вроде Уважаемый Юрий Отрохов на ixbt писал что это чуть ли не личная его измена ;-)
Его начальство жаждало "двигать" свою систему команд НЦ, а высокое начальство говорило что-то "а зачем нам НЦ и Э60, может деньги только на что-нибудь одно тратить?" После этого разработчики (к большому неудовольствию своего начальства) предложили перевести ВЕ1 на систему команд Э60.
Так что дублирование - это был шаг к унификации. Хотя некоторые держат на предложившего эту идею большой зуб и считают что именно это "отодвинуло" Зеленоград на второй план.
Но это всё только моё понимание прочитанного, лучше на ixbt первоисточник перечитать.