Кратенько (насколь склероз позволяет)
1) Xilinx плисы умеют грузиться с различных видов пзу xcf spi bpi
2) с одной пзу можно загрузить несколько плис разными прошивками
3) прошивки можно "зиповать" и шифровать
4) итд
посему msel выбирается нужный режим.
в общем случае это специальные выводы и не используются апосля.

в частном случае задан режим через msel: грузиться из xcf + есть разъём jtag => можно шить пзу и/или плису, а при отключенном разъёме при подаче питания плиса грузится из пзу.