Ничего необычного или неожиданного про обращение с 16Кб окнами сказать не могу. Использовал и в imsx и в o32view - везде работало как реализовано в emu. Есть отличия от emu в быстродействии турбы и особенности в программировании палитры, но к данному вопросу это вряд ли имеет отношение.

- - - Добавлено - - -

Есть предположение - возможны некие особенности при одновременном использовании 16Кб окон и переключении страниц через F9 (сам не пробовал, возможно поэтому не столкнулся с отличиями от emu)