Поздравляю с успешной адаптацией!
Много версий сменилось, но насколько я помню CLOCK_50 использовался как опорная частота pll и при генерации частоты для звукового кодека. Про звуковые кодеки в целом не скажу, но если просто (без пересчета фазового аккумулятора) заменить в том исходнике 50 на 64 МГц, то 8731 работать не будет.
Про clk16 и 64 мне почему-то помнится иначе - 16 получались счетчиком из 64, а второй выход pll генерировал нечто близкое к 19,2 МГц для видео. При 20 вместо 19,2 немного увеличится строчная и кадровая, но в принципе проблем не должно быть