Скорее, это проблема реалов.
С учетом, что они и не очень-то реалы, схема-то перепахана слегка.
На "логической копии реала" ЮТ на ПЛИС демка прекрасно работает.
Будем допиливать железо.
Ты лучше в двух словах скажи, у тебя чтение каких-либо портов, кроме ВИ53 используется? Прерывания отключаются программно, или ты их не трогал вообще?