@xolod говорит, нижние байты FD.CNT выбирают буфер.
Рабочая гипотеза у меня такая: данные читаются с указанного буфера до последнего (3-го). Если перед чтением выбран буфер #3 - читается один буфер (один сектор), если выбран буфер #0 - читаются четыре буфера.
Тут лучше глянуть схему. А чтение запускается в каком режиме - DMA или INT?