В моём понимании работы накопителей на гибких магнитных дисках, отдельный контроллер (или специальный двухстандартный) с отдельной ФАПЧ (или специальной двухстандартной) нужен только для поддержки HD 5,25" дисководов: это единственный формат ГМД, работающий на угловой скорости в 360 об/мин.
Все остальные ГМД, включая HD 3,5", используют угловую скорость в 300 об/мин, и, как следствие, имеют одинаковую скорость бодового (но не битового -- количество битов на бод зависит от способа модуляции, а он у каждой плотности свой) информационного потока.