1. Убедитесь хотя бы, что все сигналы присутствуют и что каждый следующий имеет частоту в 2 раза меньше предыдущего. Т.е. например H4 имеет один период на два периода H3. Это видно прямо на экране осциллографа, если не трогать развертку.
Я не очень понял по описанию, что там именно не так (и на картинках не видно). Если сбивается кадровая развертка, то проверяйте счетчики D5, D6 и формирование /KC на D13.1 и D31.3.
Заодно надо посмотреть формирование синхросигнала на D41 и после нее, транзистор и два резистора.
Проверять наличие сигнала, форму (особенно на ступеньки, говорящий о замыкании дорожек), логику работы (на плате нет лишних элементов, если сигнал до и после микросхемы одинаковый, такого скорее всего быть не должно). Все подозрительные ноги проверить на замыкание с землей. Я в особенных случаях беру исправную микросхему, отгибаю выходы и вешаю сверху вторым этажом. Скорее всего это неправильно, но иногда удается определить разницу в работе.
2. Доработка я так понимаю нужна для работы скорпиона с пал-кодером. С обычными телевизорами у меня два скорпиона работали и работают теперь без доработок. Телевизор был и ЭЛТ раньше и ЖК сейчас и был монитор Star-КУВТ.

Ставить ПЗУ от 48-го не пробовал, но без ПЗУ матрас должен быть самый обычный.