1. Возможно, они защищены от удаления. Тогда в листинге команды DIR (ЕМНИП) справа от длины файлы будет буква P (Protected). Тогда сначала надо снять защиту:

UNPROTECT/SYSTEM WD6:*.SYS

А потом уже

DELETE/SYSTEM WD6:*.SYS

Или короткий вариант

UNP/SYS WD6:*.SYS
DEL/SYS WD6:*.SYS

2. Исходно в RT такой программы-команды нет. Выйти из всех программ, выключить питания. Ну, можно ещё посмотреть на активность дисков - и если они не шуршат - тогда вырубать.
Сильно подозреваю, что FINISH была написана для выполнения парковки винчестера. Но даже на советской технике было... ммм... некоторое разнообразие дисков - так что она точно будет не универсальной. И ещё вопрос - сработает ли упомянутая в справочнике программа-команда для винчестера на УК-НЦ