hood, теоретически, в GS можно загружать свой исполняемый код. Например, для версии прошивки 1.04 Evgeny Muchkin написал так называемый relooper, который потом включили в прошивку 1.05.
Наверняка в GS есть некий указатель на начало MOD файла в памяти. Если загрузить второй MOD под видом эффекта и изменить указатель на адрес его начала в памяти GS, может получиться. Плюс нужно сэмплы в этом MOD перевести в беззнаковый вид, насколько я знаю. И наверняка есть какой-то процесс инициализации MOD в GS, типа установить адреса сэмплов, их длины и т.п.
У меня на такую работу не хватит ни мозгов, ни времени... )