Ещё помоему штатные утилиты SV и CON не подходят для сохранения системы. В комплекте с драйверами должны быть свои аналогичные утилиты. Они же устанавливают загрузчик в раздел is-dos, вызвав который можно загрузить настроенную систему.
Я сейчас проверить не могу - на днях мой последний Скорпион отбросил копыта