Ура! Всё заработало! Теперь iS-DOS грузиться с винта за 1 секунду! И загрузка очень правильная. Это не тот костыль с "сохранением по Magic'у" в теневике, а грузиться именно чистая система. Сперва RUN_IS.B сбрасывалась, но это происходило из-за того, что я криво запускал Zhddcon+ - ему надо было в качестве аргумента указать полное имя файла после ZhddSv, а у меня это вылетело из головы. Т.е. просто тупо запускал Zhddcon+ в надежде, что оно само всё сделает.

Сейчас буду настраивать ось под себя. Когда-то у меня в ней были сделаны офигенные менюшки и очень удобный extkey.txt (или как он там?). Ещё установку даты и времени со СМУКовских часиков прикручу...

По-большому счёту, не так уж это и сложно. Основная проблема была из-за странностей первого подключенного винта. Возможно, если бы раздел MFS на этом винте был менее 2ГБ, то всё прошло бы намного быстрее.

Огромное СПАСИБО комраду AmoNik за помощь в данном вопросе!