Подозреваю, что еще будет играть роль и нагрузочная способность USB порта. Стоит попробовать воткнуть программатор в порт совместимый с USB3(там токи побольше), либо попытаться сделать из обычного кабеля USB A-B кабель Y-типа(доп. питание от соседнего порта) как для переносных дисков.