А не было ли ручных переворотов компонентов? там если руками что либо делается - надо удалить все дорожки подходящие к чипу и сделать забыл как опция называется - типа перестроение всех связей!
Я уже на скрине вижу что ваши связи зигзагами обрисованы - естественно автороутер и идет по этим линиям.