Изначально делал в в AtmelStudio 7. Но, во-первых, она только под Windows. А во-вторых, после ее обновления как-то словил кучу проблем.
В итоге, перешел на NetBeans - хоть и монстр, зато открытый и кроссплатформенный. Его использовал как удобный текстовый редактор.
Для сборки проектов запилил свою утилитку на питоне: http://trolsoft.ru/ru/soft/avr-builder. Проверял под Windows и MacOS.
Тестер собирается ей (см. файл make.builder).