Зря разъёмы для JTAG и AS запаяли - теперь в корпус не влезет. Или придётся для них делать дырки. Лучше прошивать так: https://www.youtube.com/watch?v=oVB-fZyMB2E

Прошивку последнюю залили в Альтеру? Флюс советую смыть. Детектирование Slave не должно подвисать - проверяйте на залипоны. А возможно это несмытый флюс влияет на глюки.