2) Loader должен появляться в любом случае, потому что он реализован как altsyncram-компонент. Появляется при запуске платы что-то на экране, отличное от матраса ?
Ничего кроме матраса нет и не проскакивает даже. Матрас разный, иногда бежит, по сбросу иногда одинаковый иногда разный.

С ПЛИС только учусь разбираться, много чего не знаю.
Читаю Cyclone IV Device Handbook, вот вижу что моя FPGA имеет бОльшее кол-во памяти и больше PLL. А не надо заново эти компоненты для моей ПЛИС пересоздать в Q II? Я то в проекте просто переназначил пины в Pin Planner. (тогда почему с радио86рк все нормально?...)

Если нет обращения к 25q32 - ищите несоответствие схемы и платы / пинов FPGA, на которые назначены сигналы DATA0 / NCSO / DCLK / ASDO.
Обращения точно нет. Пины перепроверил. Похоже, не работает лоадер, размещенный в ПЛИС.