Тема то интересная. Но как по мне - проще снять все-таки эпюры с программатора умеющего шить альтеры с залоченным JTAG. У меня правда нет таких альтер, все что есть - все с JTAG. Но порой не хватает 2-3 свободных пинов как раз, приходится выносить снаружи и городить на мелко-логике. То есть если бы была возможность потом такие альтеры перепрошивать, я бы сам постоянно юзал JTAG как gpio.

По поводу досовой софтины - можно в эмуляторе записать все обращения к LPT-порту. Только я не знаю, как софт отреагирует на отсутствие железки.